Die PC-Version Wolfenstein 3D wurde durch das Amtsgericht in München am 25. Januar 1994, also zwei Jahre nach Erscheinungsdatum, bundesweit beschlagnahmt (Az. 2 Gs 167/94). Der Privatbesitz ist zwar erlaubt, Vertrieb und Verbreitung in Deutschland sind aber in jedem Fall verboten.
Die Beschlagnahmung wurde damit begründet, das Spiel verstoße gegen § 86a des Strafgesetzbuches (Verwenden von Kennzeichen verfassungswidriger Organisationen). Im Spiel tauchen Nazi-Symbole wie Hakenkreuzfahnen und Bilder von Adolf Hitler auf. Als Titelmelodie ertönt das nationalsozialistische Horst-Wessel-Lied.
Mit Bekanntmachung im Bundesanzeiger Nr. 20 vom 29. Januar 1994 wurde es von der damaligen BPjS indiziert, was jedoch keine über die Beschlagnahmung hinausgehenden rechtlichen Auswirkungen hatte.
Die Version für Atari Jaguar wurde am 7. Dezember 1994 vom Amtsgericht Berlin Tiergarten eingezogen (Az. 351 Gs 5509/94).
Wegen der Verbote wurde das Spiel seinerzeit nicht in Spieletests beim Namen genannt. Da es aber ständig als Maßstab für andere, frühe Ego-Shooter herangezogen wurde, wurde es meistens mit „Böser Wolf 3D“, „Wolkenheim 4D“ oder „Hundefelsen 4E“ umschrieben.
Wegen der Vorgängerspiele gab es teilweise Strafverfahren wegen der Verwendung von NS-Kennzeichen. Diese endeten teilweise mit einer Einstellung gegen Zahlung einer Geldauflage gemäß § 153a StPO, teilweise mit einem Freispruch, da es ein „antifaschistisches Computerspiel“ sei.
Das im selben Jahr wie Wolfenstein 3D veröffentlichte Prequel Spear of Destiny folgte erst 1999 auf den Index und ist nicht beschlagnahmt, obwohl in der Gestaltung keinerlei Unterschiede auszumachen sind.
