Ich kenne mich weder mit dem Firmware Sourcecode des GP2X aus, noch kenne ich die Interna des Shutdown Befehles unter normalem Linux.
Doch vom Grundsatz her würde ich behaupten das ein normaler Shutdown nichts kaputt machen kann. Unter Linux beendet shutdown alle laufenenden Programme und Verbindungen, führt einen sync auf die Platten durch und hängt die devs aus (unmount) und bleibt dann stehen.
Auch der GP2X sollte sich dann durch Aus/Einschalten wieder normal starten lassen.
Oder gibt es einen Anlass das Du zu einem anderen Schluss kommst?