Der Port ist ein und derselbe. Es kommt auf die Programmierung des Ports an, soviel steht fest. Viele Geräte benutzen eine Firmware die in Hardware gegossen wurde (die USB Controller Firmware). Da kann man nichts machen. Der Port ist und bleibt ein Slave.
Manche Controller, wie der vom Nokia770 haben aber selber Flashrom, dort gibt es Angriffsfläche - es ist aber recht kompliziert würd ich meinen, es sei denn es gibt schon ein fertiges Kit vom Hersteller des USB IC's.
Zuerst musst du rausfinden welcher IC in deinem MDA für USB Anbindung zuständig ist. Dann musst du den Hersteller des IC's aufsuchen, Datenblätter anfordern oder runterladen und darin müsste um was für ein Typ Controller es sich handelt.
Beim GP2X ist das z.B. der NET2272.