Ich benutze auch schon seit längerem gmenu2x und habe das auch festgestellt. Auch bei mir leuchtet die LED auf, wenn ich einen Link starte, aber nur bei den Links, die nicht bei Start ausgewählt wahren.
Ich habe folgende Vermutung:
Die LED leuchtet bei jedem Speichern, was gmenu2x vornimmt. Und da gmenu2x ja auch die letzte Auswahl speichert, denke ich mal, dass deshalb die LED aufleuchtet. Nur wenn man das Programm/Spiel startet, was direkt nach dem Start schon ausgewählt war, leuchtet die LED nicht auf, da die Auswahl ja schon gespeichert ist.
Du brauchst dir also gar keine Sorgen um deine Akkus zu machen!
Es is halt so, dass die LED von der Software angesteuert wird und im original Menu bei einer bestimmten Batteriespannung anfängt zu leuchten, also dann, wenn die Spannung der Batterien schon recht gering ist und sie bald leer sind.